消化系统受到一个十分复杂的控制系统的调节。在这个系统控制下,胃肠可确定自己的功能形式。胃肠功能的神经调节主要依赖三个系统，即中枢神经系统(CNS)、自主神经系统和肠道神经系统(ENS)。三者中任何一个系统出现结构病变或功能异常,或之间协调失衡都将引起胃肠道功能障碍,出现腹痛、腹胀、腹泻、便秘等症状。

高渗性腹泻：是由于肠道内有大量吸收不完全的物质，如先天性乳糖酶缺乏症，或各种所致的小肠绒毛萎缩而引起的双糖酶缺乏，使双糖吸收产生障碍，在肠腔内引起渗透压升高；不能被人体吸收的物质，如山梨醇、甘露醇及某些盐类泻剂（如硫酸镁）也使肠内渗透压升高，大量液体透过肠粘膜被动进入肠腔，使肠内容物增多，促进肠蠕动增加，致使腹泻产生。

渗出性腹泻：许多疾病造成弥漫性肠粘膜损伤和功能改变，可导致吸收不良性腹泻。

肠粘膜吸收功能减损：很多细菌、病毒感染都会引起肠粘膜病变，导致肠道吸收功能减弱。

肠粘膜面积减少：小肠被手术切除超过全长的75%可致短肠综合征，各种营养物质的吸收均不完全。

肠粘膜充血：部分疾病可导致肠黏膜充血水肿，例如右心功能衰竭、门静脉高压症等，可引起吸收不良和腹泻。

分泌性腹泻肠道分泌主要是粘膜隐窝细胞的功能，吸收则靠肠绒毛腔面上皮细胞的作用。当分泌量超过吸收能力时可致腹泻。刺激肠粘膜分泌的因子包括：细菌的肠毒素、部分药物及化学制剂等。

动力性腹泻胃肠蠕动过快可影响食物的消化，来不及完全吸收可导致腹泻。常见疾病有甲亢、肠易激综合征等。